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제2장 중복등기의 발생원인 및 부동산등기제도와의 관계
 
 
제1절 서
 
중복등기는 정상적인 상황에서는 있어서는 안될 기형적인 모습의 등기이다. 부동산등기법의 대원칙인 1부동산 1등기용지의 원칙에 반하는 이러한 등기가 발생하게 되는 것은 1차적으로는 등기공무원의 업무미숙에 기인하는 것이지만, 일제치하를 벗어나면서 우리 나라의 등기제도가 근대화하는 과정에서 제도적으로 중복등기가 발생할 수 있는 맹점이 있었던 것도 사실이며, 한국전쟁의 와중에서 등기공부의 정리보존이 불실했던 데도 상당한 원인이 있는 것으로 보인다.
 
중복등기는 동일한 부동산에 대하여 선후 두개의 서로 양립할 수 없는 등기가 경료된 것이므로 중복등기를 논함에 있어서는 부득이 1부동산 1등기용지의 원칙에 비추어 양립할 수 없는 두 개 이상의 등기란 어떠한 등기를 말하는지에 관한 중복등기의 개념을 규정하는 것이 필요하고, 구체적으로 중복등기가 되는지의 여부에 대한 판단기준도 확인하여야 한다.
 
그러므로 본장 제2절에서는 중복등기의 효력과 그 처리방법을 논하기에 앞서서 그의 개념을 규정짓고, 우리 나라의 등기제도하에서는 기형적이랄 수 밖에 없는 중복등기가 발생하게 되는 원인을 검토하고, 아울러서 중복등기의 효력문제를 다루는데 있어서는 어느 입장이 더 우리 나라의 부동산등기제도의 운용실태에 부합하는 것인지를 알아보기 위해 필요한 범위에서 부동산등기제도를 중복등기와의 관계를 중심으로 검토하기로 한다.
 
 
 
 
제2절 중복등기의 발생원인
 
 
1. 문제점
 
 
1)중복등기의 의의
 
중복등기라 함은 이미 소유권 보존등기가 되어있는 부동산에 대하여 1부동산 1등기용지의 원칙에 반하여 또다시 제2의 혹은 그이상의 보존등기가 경료된 경우를 말하며 이중보존등기라고도 한다. 이는 결과적으로 동일 부동산에 관하여 두 개이상의 등기용지가 개설된 상황이 발생되었음을 의미한다.
 
제1장에서 이미 살펴 본 바와 같이 부동산등기법 제15조 1항은 1필의 토지 또는 1동의 건물에 대하여 1용지를 사용한다고 규정함으로써 1부동산 1등기용지의 원칙을 선언하고 있다. 따라서 이미 보존등기가 되어 있음에도 불구하고 중복하여 보존등기의 신청이 있게되면, 그 등기신청은 부동산등기법 제55조 2호 소정의 사건이 등기할 것이 아닌 때에 해당하므로 등기공무원은 그 신청을 각하하여야 한다.( 박영식, 중복등기의 효력, 사법논집 제9집, 법원행정처(1978) , 327면.)
 
그러나 이러한 규정에도 불구하고 어떤 이유에서든지 중복보존등기의 신청이 받아들여져서 현실적으로 1부동산에 대하여 2개 이상의 등기용지가 개설되는 사례가 적지 않았으며, 이로 인하여 당사자간의 권리분쟁은 물론 누가 진실한 권리자인지가 부명하여 거래의 안전을 해치는 폐단이 생기게 되었다.( 1988년 10월 현재로 전국 각 등기소에서 등기례규에 따라 해소시킨 중복등기만 해도 9900건 직권말소6452건, 경정방식의 이기 3448건에 이른다고 한다. 따라서 등기례규의 처리대상이 되지 아니하는 중복등기까지 감안한다면 상당히 많은 중복등기가 현실적으로 발생되고 있음을 알 수 있다. 이상 안경희 이중보존등기, 리화녀대 대학원 연구논집 제25집 (1993) 153면.)
 
일반적으로 등기부를 등기순서에 따라 편철하던 때에 비하여 그를 지번순서에 따라 편철하고 있는 지금은 등기색출이 용이하여 등기의 중복여부를 쉽게 확인할 수 있기 때문에 중복등기의 발생위험이 종전보다는 훨씬 줄어들었다고 할 수 있겠으나(부동산등기법제16조 2항), 그렇다고 그것만으로 중복등기의 발생위험이 완전 제거되었다고 할 수는 없는 형편이다.( 김동흠, 중복등기에 관한 실무상의 제문제, 사법연구자료 제19집, 법원행정처(1992) 108면. )
 
 
2)중복등기의 형식적 동일성문제
 
중복등기로서 문제가 되는 것은 중복된 보존등기 각각이 모두 동일한 부동산을 공시하는 것으로 인정될 수 있는 정도의 형식적 내용을 가진 경우에 한한다.( 곽윤직, 물권법, 신정판(1992) 박영사, 162면 ; 김증한김학동, 물권법, 제9판(1996) 박영사, 79면 ; 김상용, 물권법, 개정판(1994), 법문사. )
 
동일한 부동산에 관한 2개의 보존등기 중의 하나가 그 부동산을 표시함에 있어 실물과 너무나 현격한 차이가 있어서 도저히 그 부동산의 등기라고 볼 수 없는 경우에는, 부동산의 실제 상황에 합치하는 보존등기가 효력을 가진다고 하여야 하며 (곽윤직, 전게서.162면. 대법원 1968.11.19 선고 66다1473판결판결집 제16권 3집, 176면). 중복등기로서 론의되려면 부동산의 실제와 다소의 차이가 있더라도 동일성을 해하지는 않을 정도이어서 실질상 동일한 부동산이라고 할 만한 등기가 중복된 경우라야 한다. ( 대법원 1965.2.23, 66다1664 판결. ) 즉 사항란의 이중등기의 효력을 따지기 전에 먼저 표제부의 표시란의 이중등기의 효력을 따지는 것이 선결문제이다.( 이영준, 전정판 물권법. 박영사(1996) 117면. )
 
한가지 주의할 것은, 여기서 말하는 동일 부동산인지의 판단은 이를 등기부상의 관계에 입각하여 형식적으로 결정할 문제라고 파악하는 견해 (삼지원순일, 신판 부동산등기법. 일립사(1972) 67면. 이재영, 「중복등기에 관한 사무처리지침에 대한 실무상 견해; ( 대법원등기 제161호 처리지침을 중심으로사법행정 제 293호(1985.5) 100면. )가 있으나, 이는 어디까지나 실질상의 관계에 입각하여 결정할 문제로 이해하여야 한다는 점이다. (산전 성, 주석민법(6) 물권Ⅰ(주교순일 편) 유비각(1966) . 211면. 박영식, 전게논문 330면. )
 
중복등기의 효력문제로서 다루어지는 중복등기의 의의와 등기신청이 있는 경우에 등기공무원이 수리여부를 판단함에 있어서 고려해야 하는 심사대상으로서의 중복등기의 의의와는 구별되어야 하기 때문이다. 즉 이미 보존등기가 되어 있는 동일건물에 관하여 제2의 소유권 보존등기가 신청된 경우라 할 지라도 각 보존등기하려는 건물의 표시가 등기부상으로 보아 형식적으로 상위하여 등기부상 동일건물에 관한 2중의 보존등기라고 인정되지 않는 때에는, 등기공무원은 제2의 보존등기 신청을 각하하지 못한다. 왜냐하면 등기공무원은 형식적 심사권한만을 가질 뿐, 실질적 심사권한을 가지고 있지 않기 때문이다.
 
요컨대 두 개 이상의 보존등기가 실질적으로 동일부동산 ( 동일건물에 대하여 다수의 소유권보존등기가 경료된 경우라도 그것이 동일한 1동의 건물에 대한 중복된 보존등기가 아니라 구분소유권의 객체로써 각각 등기된 것인 때에는 중복등기의 문제로 되지 않는다. 판례도 77.9.28. 76다1960에서 아파트건물에 있어서는 각층 또는 각층의 각 호실이 각각 독립된 경제적 가치를 지니는 것으로서 구분소유권이 인정되어 부동산 물권이나 부동산 등기의 객체가 된다 할 것이니 위 6층 내지 8층 부분에 관한 등기는 위 5층까지의 등기와 사이에 이른 바 동일한 1동의 건물에 대한 중복등기의 관계에 있지 않고, 따라서 이 등기에 기한 원고 명의등기는 유효한 것이라는 취지로 판단하였음은 그대로 수긍되어 정당하다 할 것이고, 부동산등기법의 법리를 오해한 위법이 있다고 볼 수 없다고 하여 이를 확인하고 있다.)에 관한 것이면 그 중 어느 것이 유효한 것인가를 결정하는 문제인 중복등기의 효력의 문제가 되지만, 보존등기의 신청이 각하되거나 이미 수리된 보존등기가 직권말소되기 위해서는 등기부상으로 보아 2개의 보존등기의 표제부의 부동산 표시가 형식적으로 동일하다고 인정되는 경우라야 하는 것이다( 박영식, 전게논문 330면. )
 
. 이에 따라 중복등기의 정리에 관한 사무처리지침(등기례규 제411-1항, 등기 제533호)에 의하면 중복등기란 이미 등기가 존재하는 동일토지의 전부나 대장상 분할된 일부에 대하여 다시 소유권 보존등기나 멸실회복등기가 경료됨으로써 생긴 등기를 말한다고 한다(다만 이 지침은 건물에 관한 중복등기나 같은 등기용지에 중복하여 경료된 등기에는 적용되지 않는다고 한다.).( 배병일, 「중복등기의 효력영남대학교 사회과학연구 제13집. 제2권(1993.12) 85면. )
 
 
3)중복등기의 개념상의 문제
 
중복등기의 문제를 다루는데 있어서는 또한 다음과 같은 점에 유의하여야 한다.
 
첫째로, 중복등기문제는 단순히 선차의 보존등기와 후차의 보존등기만의 문제가 아니고, 각 보존등기에 기하여 그 이후 순차로 경료된 이전등기까지 포함하는 전후의 보존등기부상의 등기 각각의 상호관계를 말하는 것으로 이해하여야 한다는 것이다 (김상용, 무효인 중복등기에 기한 등기부취득시효의 성립여부, 고시연구, 1997년 5월호, 46면. )
 
둘째로, 중복등기의 용어상의 문제이다. 논문에 따라서는 중복등기라는 표현 외에 이중등기 또는 이중보존등기라는 표현도 같은 의미로 사용하고 있는데, 중복등기에는 이중으로 경료된 보존등기 뿐만 아니라 3중의 보존등기도 있을 수 있으므로 중복등기라는 표현이 보다 바람직해 보인다는 것이다 (안갑준, 중복등기의 효력과 그 정리절차. 219면 ; 손용근, 중복등기에 관한 ( 대법원판례의 동향분석 부동산법학의 제 문제(석하 김기수 교수 화갑 기념논문집), 박영사(1992), 449면 ; 한편 부동산등기법시행규칙에서도 1993.3.3.개정 이래로 이미 중복등기라는 표현을 사용하고 있으므로, ‘중복등기’는 법령상의 용어이기도 하다. )
 
중복등기는 그 구체적인 발생원인과 사례에 따라 여러 가지 유형이 있을 수 있으나, 대별하여 소유권의 등기명의인을 같이하는 중복등기와 소유권의 등기명의인을 달리하는 중복등기로 나눌 수 있다. 이러한 중복등기의 유형에 따라 다음의 제3장과 제4장에서 검토할 중복등기의 효력문제와 중복등기의 해소방법에 있어서 그 해석상 많은 차이를 나타내게 된다.( 중복등기의 유형에 대해서는 김종권, 중복등기의 효력(상), 사법행정 제20권 7호(1979.7), 65면 이하와 박충규, 중복등기에 관한 연구,청주대 석사학위논문(1994.7) 에 상세한 설명이 있다. )
 
 
 
 
2. 중복등기여부의 판단기준
 
1) 부동산의 동일성의 판단
 
등기에 의해 공시되는 부동산이 동일한 것이어서 중복등기로 취급되기 위한 기준이 되는 동일성은 어느 정도를 말하는가에 대하여는 일률적으로 말하기 어렵지만 판례는 다음과 같이 판단하고 있다.
 
① 판례가 동일성을 인정한 경우
 
판례는 제1의 등기가 부동산의 실제내용과 다소의 차이가 있더라도 그 소재지번 또는 건평 및 구조를 일반 관념에 비추어 그것이 당해 건물의 동일성을 표시함에 족한 정도, 즉 경정등기를 할 수 있는 경우에는 그 동일성을 인정하고 있다. 구체적으로는

ⅰ)제1의 보존등기는 도동 2가 95 지상 건평 16평으로, 제2의 보존등기는 도동 2가 95의 지상 건평 14평으로 된 경우
( 대법원 56.11.17. 4289민상472판결【 대법원판결요지집, 민사상사편Ⅰ(이하 ‘요지집’으로 표기한다), 법원행정처(1992). 327면】 )
 
ⅱ)제1의 보존등기의 지번이 전주시 태평동240으로 해야 할 것을 착오로 전주시 태평동 242로 한 경우 (대법원 57.2.28. 4289민상595판결[판례총람 7권 민176면,대법원민사판결원본집(이하 ‘민판집’으로 표기한다) 22집 484면] )

ⅲ)2층의 A건물을 보존등기한 후, 그 건물의 하층지면을 약간 하한 뒤 하층을 횡으로 양분하여 3층 건물로 개조하여 결국 A건물의 일부로서 그 증축에 불과한 B건물을 새로이 보존등기한 경우
( 대법원 59.7.23 4291민상281판결【 대법원판결집(이하 ‘판결집’으로 표기한다, 한편 ( 대법원판결집은 제28권 1집부터는 ‘( 대법원판례집’으로 명칭이 변경되었지만 여기서는 같은 약어를 그대로 쓰기로 한다), 제7권 176면】 )
 
ⅳ)제1의 임야보존등기를 필한 후 동 임야를 분할하고 다시 그 일부를 대지로 지목변경하여 새로 보존등기한 경우 ( 대법원 60.6.16 4291민상367판결  대법원판례카드(이하 ‘카드’로 표기한다) 제7560호]. )

ⅴ)제1의 보존등기의 지번을 홍천군 홍천읍 희망리 78의4로 해야 할 것을 홍천군 홍천읍 희망리 78의 1로 한 경우
( 대법원 65.2.23. 64다1664판결(카드 제2029호). )

ⅵ)제1의 보존등기를 건평 29평 7합 1작, 대지 대전시 부사동 102의 2로 한 뒤, 다시건평 30평 9합 7작, 대지 대전시 부사동 102의4로 보존등기한 경우
( 대법원 66.12.20 66다2032판결(판결집, 제14권 3집 344면). )
등에서 중복등기로서의 동일성을 인정하고 있다.
 
②판례가 동일성을 부정한 경우
 
판례가 동일성을 부정한 경우는 제1의 등기가 실지건물과 현저한 차이가 있어 무효이고, 제2의 등기가 실지건물에 부합하는 경우와 같이 중복등기가 발생하지 않는 상황에서이다. 즉 등기의 지번의 표시상의 착오 또는 오류가 중대하여 그 실질관계와 동일성 혹은 유사성조차 인정할 수 없는 경우에는 그 등기는 마치 없는 것과 같은 외관을 가지므로 그 등기의 공시의 기능도 발휘할 수 없다 ( 대법원 75.4.22 74다 2188 전원합의체 판결(판결집, 제23권 1집 236면) )는 것이 원칙이다.
 
구체적으로는, ⅰ)건물이 고령군 고령면 헌문동 274의 1지상 소재 주가 및 점포 1동 건평 12평 1합 6작 부속건물 행랑 1동 건평 5평인데, 제1의 보존등기를 헌문동 272의 2 주가 및 점포 1동 건평 14평으로 한 경우 ( 대법원 59.11.19. 4292민상234판결(카드 제7568호) )
,
ⅱ)건물의 실지의 소재지번과 건평은 부산 부산진구 전포동 418, 425의 26, 425의 52지상의 건평 13평의 건물인데, 같은 전포동 산 71의 1지상 건평 11.5평으로 한 제1의 보존등기의 경우
( 대법원 68.11.19. 66다1473판결 판결집, 제16권 3집 176면).

ⅲ)건물이 전북 정주읍 시기리 409의 64지상에 소재하는 것임에도 불구하고, 같은 시기리 275로 한 제1의 보존등기의 경우
( 대법원 70.3.31 69다2216판결(판결집, 제18권 1집 291면).

ⅳ)현재 건물이 실지로 소재하는 영등포구 신길동 256의 13인데, 같은신길동 256의 2로 한 제1의 보존등기의 경우
( 대법원 77.1.25 76다1672판결(판례월보, 83호 22면).

ⅴ)건물이 용산구 한강로 1가 231의 23지상에 있음에도 같은한강로 1가 231의1로 한 제1 보존등기의 경우
( 대법원 77.3.8. 76다1192,1193판결[법원공보(이하 ‘공보’로 표기한다), 557호 9943] , 실제건물이 경기 화성군 우정면 화산리 산 61의 16 목조일부 흙벽조 스레트즙 평가건 점포 및 주택1동 건평 20평인데 이를 위 화산리 산 36의5 목조 함석즙 평가건 영업소 1동 건평 16평으로 소유권 보존등기를 한 경우 ( 대법원 86.7.22. 85다카1222판결(판결집 제34권 2집 69면, 공보 784호 1094면) , 등에서는 동일성을 부정하여 중복등기의 문제가 될 수 없다고 하였다.( 박영식, 전게논문 337면 참고. )
 
 
2) 대장상 분할된 일부에 대한 중복등기의 경우
 
등기된 토지 또는 건물의 일부가 대장상 분할된 후, 그 분리된 일부분에 대하여 중복하여 소유권보존등기나 멸실회복등기가 경료된 경우에는 그 일부 토지 또는 건물부분에 관하여는 동일한 토지 또는 건물에 대한 중복등기로 보아야 한다. ( 대법원 88.3.22. 87다카2568판결(공보 823호, 681면)

그러나 등기된 토지가 대장상으로 분할된 바가 없음에도 불구하고 당해 토지와 동일한 지번으로 지적만을 줄여서 중복하여 등기가 된 경우에는 후의 등기는 기존의 등기와는 동일성이 없는 존재하지 않는 토지에 대한 등기이므로 무효이고 따라서 중복등기가 될 수 없다.

대장상의 토지의 분필, 합필과 관련하여 발생하는 일부토지에 대한 중복등기의 예로

ⅰ)대장상으로는 분할시킨 토지에 대해 분필의 등기를 하지 않고 각각의 분할 토지부분을 새로 보존등기하는 경우, ⅱ)대장상으로만 토지를 합병시켜놓고 합필의 등기없이 합병시킨 토지 전부에 대해 소유권 보존등기를 하는 경우, ⅲ)대장상으로 두개이상의 토지의 각각의 일부분을 분할시킨 후 이들을 다시 합병시켜놓고도 별도의 분합필등기절차없이 소유권보존등기를 한 경우,
ⅳ)토지의 일부분을 분할해서 이웃토지에 합병시켜 놓고도 각각의 분합필등기없이 확대된 토지에 대해 새로 소유권보존등기를 하는 경우 등이다.( 안갑준, 전게논문. 222~223면. )
 

3) 등기기재상의 착오 등으로 인한 외관상의 중복등기의 경우
 
중복등기는 동일한 부동산에 대하여 2개이상의 등기용지에 중복하여 경료된 소유권 보존등기나 멸실회복등기를 의미하므로 이기 또는 등기시의 등기기재상의 착오와 환지등기과정에서의 착오 등으로 인하여 동일한 지번(또는 소재지번)에 대하여 수개의 등기용지가 존재하게 된다 하더라도 이를 중복등기로 볼 수는 없다. 이 경우에는 직권경정 등기절차를 통하여 외관상의 중복등기를 해소할 수 있을 것이며 직권경정이 불가능한 것은 당사자의 신청에 의한 경정등기로써 해결하여야 할 것이다.
 
또한 존재하지 않는 토지 또는 건물에 대한 등기가 됨으로 인해서 외관상 지번(또는 소재지번)이 동일한 중복등기용지가 개설된 경우라 하더라도 그러한 등기용지상의 등기는 중복등기로 처리해서는 안된다. ( 대법원등기례규 제795호(1993.3.3 등기제533호 통첩;종전례규번호 411-1항) .중복등기의 정리에 관한 사무처리지침)
이러한 경우에는 진정한 등기용지상의 소유권의 등기명의인은 존재하지 않는 토지 또는 건물을 표상하는 등기용지상의 최종 소유권의 등기명의인을 대위하여 토지 또는 건물의 멸실등기에 준하는 등기의 신청을 하여 그 등기용지를 폐쇄시킬 수 있다. 따라서 등기공무원은 진정한 등기용지상의 소유권등기의 명의인으로 하여금 외관상의 중복등기를 해소하도록 적극 권유하여야 할 것이다.
 
분필, 합필등기의 과정에서의 착오로 인하여 외관상 중복등기로 보이는 경우도 있다. 예컨대, 두 개의 토지를 합병하여 합필등기를 하였으나 합필되기 전의 각 토지의 등기용지가 폐쇄되지 않은 경우 와 어느 토지를 분할하여 분필등기를 함에 있어서 이웃한 다른 제 3의 토지에서 분할된 것처럼 등기용지가 개설된 경우 등이 그것이다. 이러한 경우에는 경정등기나 말소등기를 하여야 할 것이다. (안갑준, 전게논문. 224면 )
 
 
4) 보존등기외의 다른 등기가 중복된 경우
중복등기는 동일한 부동산에 대하여 2개이상의 등기용지가 소유권 보존등기 또는 회복등기가 경료되는 상황을 전제로 하는 것일 뿐 같은 등기용지내에서 이중으로 경료된 소유권이전등기 등은 중복등기의 개념에 포함되지 않는다. (안갑준, 상게논문. 224면. )
 
 
 
 
3. 중복등기의 발생원인
 
소유권보존등기가 개설되는 시점에서 등기용지를 설치하게 되는 우리 나라의 등기제도하에서는 어떤 이유에서든 일단 중복등기가 행해지면 중복등기상태가 해소되기 전까지는 일응 유효한 것으로 다루어 지게되고, 그에 기초한 이전등기가 순차로 계속될 가능성이 생기게 되는 등 파급효과가 적지 않으므로 그 발생원인을 분석해 보고 이를 사전에 예방하는 노력이 중요하다. 또한 중복등기의 효력이나 중복등기의 해소방법을 논하는데 있어서도 그의 전제로서 중복등기의 발생원인을 살펴보는 것은 의미있는 작업이 될 것이다.
 
원래 1부동산 1등기용지의 원칙을 채택한 우리의 법제하에서는 중복등기가 생길 여지는 크지 않다.( 독일에서는 등기부강제주의를 취하고, 또 등기용지의 개설은 직권으로 하므로 보존등기가 없을 뿐 만 아니라 건물이 독자적인 부동산이 아니므로 중복등기는 희귀하다고 한다. 이상, 정옥태, 매수인에 의한 중복의 보존등기. 법률신문 2023호(1991.4.25), 11면 참조. )
 
그러나 제도의 헛점이나 등기공무원의 실수로 중복등기가 생기는 수가 많다. 과거에 중복등기가 많이 생기게된 근본적인 원인은 무엇보다도 등기과정에 있어서 정확한 기등기여부의 검색방법이 미비되어 있었던 점에서 찾을 수 있다. 즉 종전의 등기부는 지금과 같이 지번(또는 건물의 소재지번)순서에 따라 등기번호를 부여하고 그에 따라 등기용지를 편철하는 바인더식이 아니라, 사전에 조제된 장부식등기부에 소유권보존등기가 행해진 시간적 순서에 따라 일련번호로 등기번호를 부여하고 기재를 해 나가는 방식을 취하고 있었고,
 
또한 등기부의 보조장부로 색출장을 동리별로 배치하여 지번순서에 따라 등기부의 책수, 장수, 등기번호 등을 기재함으로써 등기된 부동산을 쉽게 찾아 볼 수 있도록 되어 있었다. 그러나 만약 등기공무원의 과오로 위와 같은 기재사항이 누락되는 경우에는 당해 부동산을 찾을 수 없게되어, 기등기부동산을 미등기로 잘못 알고 또다시 동일한 부동산에 대하여 소유권보존등기등을 하게 됨으로써 중복등기가 생긴 예가 많았던 것이다.
 
그러나 1976년 5월부터 시작된 부동산등기부의 카드화 이기작업과 1978.11.3 등기 제365호 통첩으로 시달된 부동산등기카드 지번순 편철요령(( 대법원 등기례규 제335호 <종전예규35항>)에 따른 모든 작업이 전국적으로 완료된 현재는 등기공무원의 중대한 과실에 기인하지 않고서는 중복등기가 발생할 가능성은 거의 없어졌다고 볼 수 있다. (안갑준, 전게논문. 220면. )
 
즉 토지등기부는 지번의 순서대로 편철하므로 등기신청에 대한 실질적 심사권한이 없는 등기공무원도 동일지번에 이중의 보존등기신청이 있는 때에는 등기부를 대조하면 쉽게 이중임을 알 수 있게 되었기 때문에 이제 토지에 관해서는 절차상 비교적 쉽게 중복등기의 발생을 막을 수 있게 된 것이다.
 
그러나 건물에 대해서는 아직 중복등기가 생길 여지가 있다. 건물등기부는 지번의 순서에 의해서가 아니라 가옥번호의 순서에 따라 편철하므로 동일 지상에 존재하는 가옥번호를 달리하는 보존등기의 신청이 있으면 등기공무원이 이를 수리하여 등기하는 것이 사실상 있을 수 있기 때문이다.( 장경학, 물권법. 법문사. 1987. 224면. )

 
 
중복등기의 발생원인을 좀 더 구체적으로 살펴보면 대체로 다음의 사유로 대별할 수 있다.
 
1) 행정청이나 법원의 촉탁에 의한 경우
이는 ⅰ)분배농지의 상환완료로 인한 소유권 이전, 귀속재산의 불하로 인한 이전 등과 관련하여 행정관청이 등기를 촉탁함에 있어서 전 소유자의 기존등기를 무시하고, 새로 국가명의로 보존등기를 한 후 신소유자 앞으로 이전등기를 한 경우, ⅱ)법원의 촉탁에 따른 가압류, 가처분, 경매신청의 기입등기에 있어서 기등기부동산에 대해 대위보존등기를 한 경우 또는 대위보존등기가 된 후, 소유자에 의하여 다시 보존등기가 된 경우 등에서 나타난다. (손지열, 중복등기의 제 문제 재판자료 제43집, 402면. )
 
2) 등기의 정비과정에서 착오가 생긴 경우
이는 ⅰ)6.25사변으로 등기부가 멸실된 지역에서 회복등기와 새로운 보존등기가 경합된 경우, ⅱ)각종의 등기에 관한 특별조치법에 의거하여 이전등기를 하여야 할 매수인 등이 이전등기 대신 보존등기를 한 경우, ⅲ)임야대장에서 토지대장으로 등록전환되는 과정에서 구 등기부를 폐쇄함이 없이 새로 등기용지를 개설한 경우 등에서 나타난다. (손지열, 전게논문. 402면. )
 
3) 토지의 분필합필, 건물의 증개축 등으로 인한 부동산의 현상변경을 등기부에 반영하는 과정에서 착오가 생긴 경우
이는 ⅰ)1필의 토지가 분필되었는데도 구 등기용지를 그대로 두고 각 분필토지에 대하여 새로 보존등기를 한 경우, ⅱ)이와 반대로 수필의 토지가 합병되었는데도 구 등기용지는 그대로 두고 합필토지에 대하여 새로 보존등기를 한 경우 .
ⅲ)건물의 증축, 개축 후 표시의 변경등기를 하는 대신에 새로 보존등기를 한 경우
ⅳ)신축건물에 대하여 건물을 건축한 수급인과 건축주가 각각 별도로 각자의 명의로 보존등기를 신청하여 등기된 경우,
ⅴ)구분소유건물에 대하여 구분소유자의 1인이 1동 건물 전부에 대해 자기명의로 보존등기를 함으로써 중복등기가 된 경우, ⅵ)건물이 철거 기타 사유로 멸실되었을 경우 그 건물에 대한 등기를 해소시키지 않은 채, 부지 소유자가 그 지상에 건물을 신축하고 보존등기를 한 경우
( 대법원 1973.7.24. 73다396판결(공보 472호, 7422면). 등에서 나타난다. (배병일, 전게논문, 86면. )
 
4) 등기과정에서의 정확한 색출방법의 미비나 등기공무원의 과오에 의한 경우
앞에서 본 바와 같이 종전의 등기부는 등기번호순으로 편철되었으므로, 어느 부동산이 기등기인지 미등기인지를 판별하기 위하여는 색출장을 이용할 수 밖에 없었는데, 그 색출장의 정리가 제대로 되지 않았을 뿐만 아니라 등기공무원의 색출상의 과오도 적지 않아 중복등기를 발생시키는 경우가 있었고, 그밖에 등기신청의 당사자들이 부법적인 목적에서 의도적으로 등기공무원을 기망하여 중복등기를 하는 경우도 있었다. (서정도, 하자있는 부동산등기의 효력에 관한 고찰. 사법연구자료 제5집. 275면. )
 
5) 토지대장이나 가옥대장의 소관청과 등기사무의 소관청의 이원화로 인한 경우
대장의 소관청과 등기사무의 소관청이 일원화되어 있지 않은 까닭에 보존등기는 결국 위 대장의 소관청이 발급하는 해당 대장의 등본에 의할 수밖에 없는데(부동산등기법 제 130조, 131조), 이러한 경우 위 등본의 발급시에 약간의 기재착오가 있더라도 등기공무원으로서는 동일 부동산인지의 여부를 판별하기 어렵게되어 용이하게 중복등기가 발생할 수 있고, 이러한 현상은 특히 건물의 경우가 더 심하다고 할 수 있다. (박영식, 전게논문, 339면. )
 
6) 행정구역변경에 따른 관할의 전속이 있는 경우
특수한 경우로서 행정구역의 변경에 따라 관할의 전속(부동산등기법 제9조)이 발생하는 경우에 종전관할 등기소의 등기부이송작업에서 누락된 것을 간과하고 새로운 관할등기소에서 다시 새로 보존등기가 된다든지, 혹은 관할의 전속없이 단순히 동명이나 지번만 변경된 경우에 등기소에서 이를 정리하지 않고 빠뜨린 뒤에 다시 새로운 동명이나 지번으로 보존등기가 된다든지 하는 경우가 있을 수 있다.( 서정도, 전게논문. 274~275면. 그밖에 판례상으로 나타난 중복등기의 태양에 대해서는 박영식, 상게논문 340~345면과 박충규, 전게 석사학위논문 7~20면에 상세한 설명이 있다. )